Code génétique de 66 000 espèces britanniques à séquencer

L’effort britannique, connu sous le nom de Darwin Tree of Life Project, est officiellement lancé aujourd’hui à Londres (le 1 er novembre) aux côtés de l’effort mondial Earth BioGenome Project (EBP). Le lancement est marqué par un rassemblement de partenaires scientifiques et de bailleurs de fonds clés du monde entier pour discuter des progrès réalisés dans l'organisation et le financement du projet.

L'EBP finira par créer une nouvelle base pour la biologie afin de proposer des solutions pour préserver la biodiversité et préserver les sociétés humaines.

Une meilleure compréhension de la diversité biologique de la Terre et une gestion responsable de ses ressources font partie des défis scientifiques et sociaux les plus cruciaux du nouveau millénaire. Relever ces défis nécessite de nouvelles connaissances scientifiques sur l’évolution et les interactions entre des millions d’organismes de la planète.

Le Sanger Institute servira de plaque tournante de la génomique au Royaume-Uni et collaborera avec le Natural History Museum de Londres, le Royal Botanic Gardens, le Kew, le Earlham Institute, l'Edinburgh Genomics, l'Université d'Edimbourg, l'EMBL-EBI et d'autres organismes de collecte d'échantillons et de séquençage d'ADN. , assembler et annoter des génomes et stocker les données. En outre, le Sanger Institute assurera la coordination avec d'autres groupes contribuant au programme EBP, tels que le projet de génomes de vertébrés G10K (VGP) et le projet de plantation de génomes 10 000 génomes, afin de s'assurer qu'il n'y a pas de redondance des efforts et que chaque projet contribue à l'autre.

Le projet Darwin Tree of Life coûtera environ 100 millions de livres sterling au cours des cinq premières années, et le séquençage des génomes de 66 000 espèces prendra environ 10 ans.

À l’occasion du 25e anniversaire du Wellcome Sanger Institute, l’institut et ses collaborateurs ont utilisé la technologie et les protocoles PacBio® à lecture longue développés par le VGP pour séquencer pour la première fois les génomes de 25 espèces britanniques *, notamment les écureuils roux et gris, Merle européen, araignée de radier Fen et mûre. Les connaissances acquises dans le cadre du projet 25 génomes constituent une base pour une mise à l'échelle permettant de séquencer les génomes de 66 000 espèces.

Le projet Darwin Tree of Life est désormais possible grâce aux avancées récentes et attendues en matière de séquençage et de technologie de l’information qui permettront à l’institut Sanger et à ses institutions partenaires de lire et d’interpréter chaque année le génome de milliers d’espèces, au Royaume-Uni et dans le monde. Toutes les données seront stockées dans des bases de données du domaine public et rendues librement accessibles à des fins de recherche.

Le séquençage des espèces eucaryotes au Royaume-Uni et dans le monde va révolutionner notre compréhension de la biologie et de l'évolution, renforcer les efforts de conservation, contribuer à la protection et à la restauration de la biodiversité et, en retour, créer de nouveaux avantages pour la société et le bien-être humain.

Le professeur Sir Mike Stratton, directeur du Wellcome Sanger Institute, a déclaré: «À l'échelle mondiale, plus de la moitié de la population de vertébrés a disparu au cours des 40 dernières années et 23 000 espèces sont menacées d'extinction dans un proche avenir. En utilisant les connaissances biologiques que nous obtiendrons des génomes de toutes les espèces eucaryotes, nous pouvons nous pencher sur nos responsabilités en tant que gardiens de la vie sur cette planète, nous occupant de la vie sur Terre de manière plus éclairée à l'aide de ces génomes, à un moment où la nature est sous forte la pression, pas moins de nous. "

Le professeur Harris Lewin, de l'Université de Californie à Davis (États-Unis) et président du projet Earth BioGenome, a déclaré: «Le projet Arbre de la vie de Darwin est une avancée extrêmement importante pour le projet Earth BioGenome et servira de modèle pour d'autres efforts nationaux parallèles. . Le Wellcome Sanger Institute possède une expérience de plusieurs décennies dans les domaines du séquençage et de la biologie du génome, contribuant à renforcer les capacités mondiales nécessaires à la production de génomes de grande qualité et à grande échelle. Le projet Earth BioGenome et ses organisations partenaires se félicitent du leadership exceptionnel que le Wellcome Sanger Institute apporte à nos efforts pour séquencer toute la vie eucaryote connue de notre planète. ”

Sir Jim Smith, directeur scientifique de Wellcome, a déclaré: «Lorsque le projet du génome humain a été lancé, il y a 25 ans, nous ne pouvions pas imaginer comment la séquence d'ADN produite à l'époque transformerait la recherche en santé et en maladie humaines. S'engager dans une mission consistant à séquencer toute la vie sur Terre n'est pas différent. Nous apprendrons de la nature comment développer de nouveaux traitements pour les maladies infectieuses, identifier des médicaments pour ralentir le vieillissement, générer de nouvelles approches pour nourrir le monde ou créer de nouveaux biomatériaux. ».

Le projet Earth BioGenome (EBP) vise à séquencer, cataloguer et catégoriser les génomes de toute la biodiversité eucaryote de la Terre sur une période de dix ans. Le coût estimatif de l’EBP est de 4,7 milliards de dollars. Compte tenu de l'inflation, le projet du génome humain coûterait aujourd'hui 5 milliards de dollars.

Les espèces eucaryotes sont définies comme des organismes dont les cellules ont un noyau enfermé dans des membranes, contrairement aux procaryotes, qui sont des organismes unicellulaires dépourvus de noyau lié à la membrane, de mitochondries ou de tout autre organite lié à la membrane (bactéries et archées).

Le financement

Le Wellcome Sanger Institute utilisera le financement de base de Wellcome pour lancer un programme de recherche sur la génomique de l’Arbre de vie. Un soutien financier supplémentaire pour la collecte d'échantillons, des machines de séquençage et une infrastructure de données est nécessaire.

Les activités de l’EBP sont actuellement financées par les organisations participantes, ainsi que par des fondations privées, des organisations gouvernementales et des sources de financement participatif. Les institutions participantes se sont engagées à collecter des fonds pour mener à bien le projet dans 10 ans. Des fonds importants ont déjà été collectés par les communautés basées sur les taxons, les projets nationaux et régionaux pour atteindre l'objectif de 600 millions de dollars nécessaire pour mener à bien la phase 1 du projet, qui vise à produire environ 9 000 génomes de qualité de référence dans toutes les familles taxonomiques.